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只是非法拘禁三個小時不能立案。
國家機關工作人員涉嫌利用職權非法拘禁，具有下列情形之一的，應予立案：
1、非法拘禁持續時間超過二十四小時的；
2、三次以上非法拘禁他人，或者一次非法拘禁三人以上的；
3、非法拘禁他人，并實施捆綁、毆打、侮辱等行為的；
4、非法拘禁，致人傷殘、死亡、精神失常的；
5、為索取債務非法扣押、拘禁他人，具有上述情形之一的；
6、司法工作人員對明知是無辜的人而非法拘禁的。
在對國家機關工作人員實施的非法拘禁行為是否構罪上，有一個“度”的規定，只有超過了這個度，才追究其刑事責任。國家機關工作人員因為其身份的特殊性，法律對其的要求比一般群眾要嚴。
【法律依據】
根據《中華人民共和國刑法》第二百三十八條規定，非法拘禁罪是指以拘押、禁閉或者其他強制方法，非法剝奪他人人身自由的犯罪行為。
