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1、產地、科屬不同。木瓜屬于薔薇科木瓜，屬植物木瓜：本屬植物有木瓜（木瓜海棠）、貼梗海棠（皺皮木瓜）等，幾種是原產中國的溫帶木本植物，其果實可供食用、藥用，同時花色美麗，也供觀賞；它們還是傳統文化、詩歌中所提到的木瓜，如《詩經》中的名句投我以木瓜，報之以瓊琚”。與薔薇科木瓜有比較大的區別的，是常見的熱帶水果木瓜，本名番木瓜，是十字花目番木瓜科水果。番木瓜是世界3大草本果樹之一，是人們喜愛吃的肉質清香且四季上市的熱帶鮮果。別名又叫：蓬生瓜、萬壽果、鐵腳梨、海棠梨。原產美洲的墨西哥南部，17世紀初中國引入栽培。木瓜果皮光滑美觀，果肉厚實、香氣濃郁、甜美可口、營養豐富，有百益之果”、水果之皇”、萬壽瓜”之雅稱。
2、營養不同。青番木瓜和一般的水果木瓜的區別：目前番木瓜只在廣西盛產。番木瓜相對于一般木瓜而言，藥用價值較高。富含木瓜酶，適合加工成各種化妝品、護膚品、食品、原料。一般的水果木瓜，作為水果食用，木瓜酶含量較低。青木瓜和黃木瓜的區別：青木瓜指未成熟的木瓜，一般泛指未成熟的番木瓜，而非水果木瓜，這是的木瓜的木瓜酶含量較高，比較具有藥用價值。黃木瓜即已成熟的木瓜。青木瓜內含豐富的木瓜酵素、木瓜蛋白酶、凝乳蛋白酶、胡蘿卜素等；并富含十七種以上氨基酸及多種營養元素；是一種營養豐富、有百益而無一害的果之珍品”。
3、用途不同。木瓜海棠花色爛漫，樹形好、病蟲害少，是庭園綠化的良好樹種，叢植于庭園墻隅，林緣等處，春可賞花，秋可觀果。種仁含油率35.99%，出油率30%，無異味，可食并可制肥皂。果實經蒸煮后作成蜜餞；又可供藥用，但木瓜的藥效甚微，由于藥用效果差，國家藥檢局于2003年下文，禁止藥用。花可為糖制醬的作料，風味很美。樹皮含鞣質，可提制栲膠。木材質堅硬，可以制作家具。番木瓜生食或熟食，或切片，曬干備用。葉全年可采，鮮用或晾干備用。此外，番木瓜果實可加工制成木瓜糖、果醬、果脯及罐頭。青果的乳汁富含番木瓜酶，有消化蛋白質的功能，在工業上用途極廣。木瓜從移栽到結果只需6個月左右，它單桿直立，常年不斷開花結果單果重1～3斤，每株一年可產果70斤左右，最高單株產果130斤，木瓜果肉厚實、香氣濃郁、甜美可口、營養豐富，它特有的木瓜酵素能清心潤肺還可以幫助消化、治胃病，它獨有木瓜堿具有抗腫瘤功效，對淋巴性白血病細胞具有強烈抗癌活性，木瓜耐貯運，采收后自然存放1～2月，產果早，并且第一年獲高產畝產達2000斤以上，畝栽250株。
4、藥用價值不同。木瓜富有營養，低卡路里，以致對進行減肥的人大有益處；木瓜有助于治皮外傷或其它外傷；木瓜富有抗炎化合物，也有抗癌作用，對于患骨質疏松癥、關節炎和浮腫的人，最好有規律地食用木瓜，同時能夠防癌；木瓜也能幫助頭皮和頭發的健康，木瓜的攝入量有助于頭發的生長并能防止頭皮屑（頭垢）；木瓜是最有功效排毒方法之一，多吃木瓜酒能排出體內的毒素；對于患便秘和消化不良的病人，多吃木瓜能減輕病狀。番木瓜果皮光滑美觀，果肉厚實細致、香氣濃郁、汁水豐多、甜美可口、營養豐富，有百益之果”、水果之皇”、萬壽瓜”之雅稱，是嶺南四大名果之一。木瓜富含17種以上氨基酸及鈣、鐵等，還含有木瓜蛋白酶、番木瓜堿等。半個中等大小的木瓜足供成人整天所需的維生素C。木瓜在中國素有萬壽果”之稱，顧名思義，多吃可延年益壽。
