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1、吏部：長官稱吏部尚書，置吏部侍郎二人。
2、戶部掌全國疆土、田地、戶籍、賦稅、俸餉及一切財(cái)政事宜。其內(nèi)部辦理政務(wù)按地區(qū)分工而設(shè)司。各司除掌核本省錢糧外，亦兼管其他衙門的部分政務(wù)，職責(zé)多有交叉。清還設(shè)有掌管八旗事務(wù)的八旗俸餉處及現(xiàn)審處。隸屬于戶部的機(jī)構(gòu)有掌鑄錢的錢法堂及寶泉局。掌庫藏的戶部三庫。掌倉儲及漕務(wù)的倉場衙門。
3、禮部：禮部下設(shè)四司，儀制清吏司，掌嘉禮、軍禮及管理學(xué)務(wù)、科舉考試事。祠祭清吏司，掌吉禮、兇禮事務(wù)。主客清吏司，掌賓禮及接待外賓事務(wù)。精膳清吏司，掌筵饗廩餼牲牢事務(wù)。
4、兵部：掌全國武官選用和兵籍、軍械、軍令之政。
5、工部：工部下設(shè)總部、屯部、虞部和水部四屬部，洪武二十六年，改尚書二十四部為二十四清吏司，工部各屬部分別改為營繕清吏司、虞衡清吏司、都水清吏司和屯田清吏司，職掌、設(shè)官仍前。
6、刑部：審定各種法律，復(fù)核各地送部的刑名案件，會同九卿審理“監(jiān)候”的死刑案件以及直接審理京畿地區(qū)的待罪以上案件。刑部的內(nèi)部組織機(jī)構(gòu)的設(shè)置是按省設(shè)司。
