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刑事案件立案偵查終結后的處理是：
1、撤銷案件。在偵查過程中，發現不應對犯罪嫌疑人追究刑事責任的，應當撤銷案件。
2、移送審查起訴。公安機關在對案件經過一系列的偵查活動后，認為案件事實已經清楚，證據已經確定、充分，依照法律規定能夠認定嫌疑人確有罪行，需要追究刑事責任的，應當決定將案件終止偵查，移送人民檢察院審查起訴。
【法律依據】
根據《刑事訴訟法》第一百五十六條，對犯罪嫌疑人逮捕后的偵查羈押期限不得超過二個月。案情復雜、期限屆滿不能終結的案件，可以經上一級人民檢察院批準延長一個月。
