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《忍者神龜》自1990年至2014年，共拍攝于了四部，講述紐約四個功夫高強的忍者龜與犯罪集團做斗爭的故事。
1、忍者神龜1 話說在紐約市的下水道之中住著四只功夫高強的忍者龜，它們跟隨著忍者師父—一只來自日本的超級大老鼠。一次偶然機會，它們救了一名正義的電視女記者，她也成為了唯一知道忍者龜藏身處的人。在多次行俠仗義后，他們與城市里的一個神秘組織結怨。這個組織招募了很多無知的青少年，教他們功夫，同時也指示他們做壞事。在神秘組織的一次突襲后，由于寡不敵眾，忍者神龜受了重傷，同時，他們的老師也被這個神秘組織抓去。這個時候，女記者的上司又抱怨兒子經常夜不歸宿。原來他也已經參加了那個組織。而在看到神秘組織領導對待老鼠老師的兇殘后，少年跑來通知了忍者龜，并告訴了他們神秘組織的藏身地。而老鼠老師這個時候也聽出，那個總是戴著面具的神秘組織頭目，就是多年前在日本殺死自己主人的壞蛋。最終，忍者神龜們齊心合力，救出了自己的老師，徹底粉碎了神秘組織，而他們，也成為了少年們心中的英雄，成為了他們的新偶像。
2、忍者神龜2 忍者神龜們發現了變種物質的泄漏之處，但史萊德同時也發現這一秘密，于是他們之間又展開了新一輪的戰斗，而忍者神龜們也在戰斗中得到了提高！
3、忍者神龜3 忍者神龜被一把神奇的魔杖傳送到了17世紀的日本，他們將在那里對抗邪惡的Norinaga勛爵，并奪回魔杖拯救紐約市！
4、忍者神龜 旋風再起 話說在紐約市的下水道之中，居住著四只功夫高強的忍者神龜，他們夜間出動，除暴安良，成為了城市英雄。不過，英雄傳說如今只是街頭小料，在幾經周折打敗了老對手--大惡魔施萊德之后，親如一家的忍者神龜們卻漸漸疏遠，就差沒四分五裂了。與此同時，神秘的黑暗力量在似乎又開始在紐約城蔓延，神龜們的忍者老師鼠先生，越來越為此擔憂。原來，億萬富翁、高科技巨子馬克斯·溫特斯，為了彌補自己在3000年前犯的錯誤，試圖抓住3000年一次的九星力量，把自己在3000年前召喚出來的13只魔獸送回去，而溫特斯的四個兄弟石人卻想召集一支遠古魔獸軍團，妄圖稱霸世界！而神龜的宿敵--紐約腳幫，也加入了溫特斯旗下，為虎作倀。這支最終形態的精英忍者們，本就隸屬施萊德掌控，如今在施萊德義女凱利的領導下，更是組織嚴明。事到如今，只有一支超級忍者戰斗隊能阻止邪惡勢力，拯救地球！超級忍者鼠老師和唯一留在下水道大本營的李奧納多，必須重新齊集神龜伙伴--米開朗基羅、多納泰羅和拉斐爾，在老朋友艾普莉爾·奧尼爾和凱西·瓊斯的相助下，上天入地，再顯神龜英雄本色！
