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據《三國志》記載，華佗回家后，曹操曾經多次寫信催他回來，還曾命令郡縣官員將華佗遣送回來，但是華佗均以妻病為由而不從。曹操惱羞成怒，遂以驗看為名，派出專使，將華佗押解許昌，嚴刑拷問。面對曹操的淫威，華佗堅貞不屈，矢志不移。曹操益怒，欲殺華佗。雖有謀士一再進諫，說明華佗醫術高超，世間少有，天下人命所系重，望能予以寬容，但曹操一意孤行，竟下令在獄中處決。
華佗臨死，仍不忘濟世救民，將已寫好的《青囊經》取出，交獄吏說:“此書傳世，可活蒼生。”獄吏畏罪，不敢受書。華佗悲憤之余，只得將醫書投入火中，一焚了之。后來，曹操的頭風病幾次發作，諸醫束手，他仍無一絲悔意，還說，“佗能愈吾疾，然不為吾根治，想以此要挾，吾不殺他，病亦難愈。”直到這年冬天，曹操的愛子曹沖患病，諸醫無術救治而死，這時曹操才悔恨地說:“吾悔殺華佗，才使此兒活活病死。”
