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1、脂肪族和環狀化合物較芳香化合物更容易被生物降解；
2、不飽和脂肪族化合物(如丙烯基和羰基化合物)一般是可降解的，但有的不飽和脂肪族化合物（如苯代亞乙基化合物）有相對不溶性，會影響它的生物降解程度。有機化合物主要分子鏈上除碳元素外還有其他元素（如醚類和叔胺等），就會增強對生物降解作用的抵抗力；
3、有機化合物分子量的大小對生物降解能力有重要的影響。聚合物和復合物的分子能抵抗生物降解，主要因為微生物所必需的酶不能靠近并破壞化合物分子內部敏感的反應鍵；
4、具有被取代基團的有機化合物，其異構體的多樣性可能影響生物的降解能力，如伯醇、仲醇非常容易被，而叔醇則能抵抗生物降解；
5、增加或去除某一功能團會影響有機化合物的生物降解程度。例如羥基或胺基團取代到苯環上，新形成的化合物比原來的化合物容易被生物降解，而鹵代作用能抵抗生物降解。
