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公共選擇理論的方法論歸結為三個要素：個人主義、經濟理性和交易政治。
個人主義是微觀經濟分析的出發點，同樣也被看成是集體行為的出發點。公共選擇注重于分析個人行為，如投票人、政治家和官員的行為，分析個人行為如何通過政治過程而對整個經濟產生影響。
經濟理性原則認為，人是利己主義的，追求個人利益和效益最大化，其活動受個人利益驅動與導向。公共選擇理論認為人們在政治領域中也是如此，因此由個人組成的國家或政府不應被看成是以大眾利益服務為目的的。
交易政治認為，政治在公共選擇理論中被視為一個在解決利益沖突時進行交換達成協議的過程，含有交易的性質。
