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故事的主人翁吉姆，是一個十歲大的小男孩，吉姆的父母在黑山海灣旁經營一家旅館名為本鮑上將。有一天，旅館來了一位臉上帶著刀疤、身材高大結實、非常引人注目的客人，原來他就是比爾船長。
吉姆非常喜歡聽比爾船長講故事，那些聽起來挺嚇人的經歷，像是罪犯被處以絞刑、海盜雙手被綁而且蒙眼走跳板、突如其來的海上大風暴、遍地骨骸的西班牙海盜巢穴等，每次都讓吉姆又愛又怕，也讓寧靜的小鎮增添了不少新鮮刺激的話題。
沒多久，比爾船長因為飲酒過量加上受到驚嚇而死在旅館中，吉姆無意間發現比爾身上帶著的一張藏寶圖，那是海盜普林特船長所遺留下的，於是吉姆和一群人的金銀島尋寶的故事就此展開。
心懷不軌的海盜們喬裝成一般的水手，當中還包括陰森詭譎的獨腳水手西爾弗。大夥兒假裝跟著吉姆和利弗希醫生一起去尋寶，航海的過程中，充滿了千辛萬苦和千奇百怪的事。
