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克州屬于新疆維吾爾自治區，位于新疆維吾爾自治區西南部，地跨天山山脈西南部、帕米爾高原東部、昆侖山北坡和塔里木盆地西北緣，自治州北部和西部分別與吉爾吉斯斯坦和塔吉克斯坦兩國接壤，邊境線長達1195千米。東部與阿克蘇地區相連，南部與喀什地區毗鄰，全州東西長約500千米，南北寬約140千米，面積7.25萬平方千米。
克孜勒蘇柯爾克孜自治地處塔里木河流域上游，地跨天山山區、帕米爾高原、昆侖山山區及塔里木盆地邊緣，山地占全州總面積的90%以上，谷地、盆地遍布山間，屬典型的溫帶大陸性氣候，光照充足，干旱少雨，是有名的瓜果之鄉。
